Die Chrischona-Gemeinde gehört zum Verband Chrischona International, welcher von Christian Friedrich Spittler (1782-1867) ins Leben gerufen wurde. Auf seine Initiative hin entstanden im 19. Jahrhundert verschiedene soziale und christliche Organisationen, so z.B. auch die Basler Mission (heute Mission 21), das Basler Kinderspital und das Waisenhaus in Basel.

Das Werk, damals noch Pilgermission genannt, nahm 1840 in der zerfallenen Wallfahrtskirche St.Chrischona oberhalb Bettingen bei Basel seinen Anfang. C.F. Spittler begann junge Männer missionarisch zu schulen, um sie als „Pilgermissionare“ in die Welt zu schicken. Sein Ziel war es, die Liebe Gottes durch Verkündigung, Diakonie und Seelsorge bekannt zu machen. Spittlers Nachfolger, Carl Heinrich Rappard, prägte die Ausbildungsstätte ab 1868 entscheidend. Er gestaltete sie zur ersten Evangelistenschule im deutschen Sprachraum. 1909 entstand in einem damals geradezu progressiven Schritt die „Bibelschule für Töchter“.
Am Theologischen Seminar St.Chrischona haben inzwischen rund 3600 Männer und 2100 Frauen eine fundierte theologische Ausbildung erhalten.

Ab 1850 begann sich die von Spittler begonnene Arbeit auszuweiten:
Es entstanden Chrischona-Gemeinschaften in der Schweiz (1869), in Deutschland (1875) und später in Frankreich (1913), im südlichen Afrika (1966) und in Luxemburg (1992).

Die Chrischona-Gemeinden verstanden sich zuerst als Gemeinschaften neben der Landeskirche und in Ergänzung zu ihr. Seit den dreissiger Jahren des letzten Jahrhunderts hat sich die Struktur immer mehr
in Richtung einer Freikirche verändert. Der Schweizer Zweig wurde zum eigenständigen Verein Chrischona Schweiz. Heute hat die Chrischona ihren anerkannten Platz als Freikirche in der Schweiz eingenommen. Auf lokaler und nationaler Ebene arbeitet sie mit den verschiedensten Denominationen zusammen und ist Mitglied der Schweizerischen Evangelischen Allianz (SEA).

Chrischona Schweiz hat 7500 Mitglieder und jeden Sonntag feiern etwa 13’000 Menschen in den Räumen der rund 100 Chrischona-Gemeinden Gottesdienst.